Айрат Ишмурзин окончил Казанский государственный технологический университет по специальности «химическая технология природных энергоносителей и углеродных материалов».
Свой путь в структуре «Газпрома» он начал в 1995 году в качестве оператора технологических установок Сургутского завода по стабилизации конденсата ООО «Сургутгазпром» (сейчас – Сургутский завод по стабилизации конденсата ООО «Газпром переработка). В 2008-2012 годах там же занимал должность заместителя директора по производству, а затем – главного инженера.
С 2012 по 2014 год Айрат Ишмурзин возглавлял Управление по переработке газа, газового конденсата, нефти Департамента маркетинга, переработки газа и жидких углеводородов ОАО «Газпром».
Позднее, вплоть до 2021 года, занимал пост главного инженера и первого заместителя генерального директора ООО «Газпром переработка», пока в ноябре 2020 года сам не занял пост генерального директора ООО «Газпром переработка».
